Il comune di Codigoro si estende nella parte più orientale della provincia ferrarese nel Parco regionale del Delta del Po.
Ultima propaggine ad est della Pianura Padana, si colloca tra le Valli di Comacchio e la costa del Mare Adriatico. È attraversato, in direzione ovest-est e fino alla foce, dal Po di Volano.
Il territorio, che fino agli anni sessanta del secolo scorso era caratterizzato da ampie distese palustri che nel corso del tempo sono state completamente bonificate -salvo i pochi ettari rimasti delle Valli di Caneviè e di Porticino- è attraversato da una fitta rete di canali un tempo in parte navigabili, per l'irrigazione e lo scolo dei vastissimi campi coltivati intensivamente. Sono tuttavia ancora presenti tracce residuali di boschi e pinete dell'antico apparato deltizio padano. Confina con i comuni di Massa Fiscaglia, Lagosanto, Comacchio, Jolanda di Savoia e Goro.